Теперь, собственно говоря, амбула. Правительство решило, что угрозу Земле надо быстренько уничтожить в самом ее зародыше и для этого послало самый крутой спецназ для зачистки лаборатории. Это они конечно правильно поступили. Вот только решили зачистить не только монстров, но и всех свидетелей эксперимента. Вот и бегает наш герой по лаборатории в попытках сохранить себе жизнь и лелея благородную цель расфигачить источник прорыва монстров. По итогу прорвавшись через мешанину монстров, перепуганного персонала и спецназовцев стреляющих во все, что шевелится, Гордон уничтожает источник зла и вроде бы все хорошо и все счастливы.

Ага, щас, не тут-то было. Подвиги Гордона заинтересовали некоего G-Man-а, забирает он нашего героя, и лет на 20 помещает в стазис вне Земли и вне времени. Потом его непонятно зачем возвращают назад. Земля под властью чужих, но как обычно существует движение сопротивления инопланетным захватчикам. Естественно, как и положено по законам жанра, наш герой выбивается в лидеры. А все почему? А потому что у него сохранился защитный костюмчик, в котором он бегал двадцать лет назад.

И опять побежали выносить монстров, на пути к телепорту. Правда тут еще боевые машины появляются, но у нас припрятан в кустах рояль, огромный робот дочери основателя сопротивления. Кстати не совсем понял, зачем она с нами везде бегает. Дальше стандарт выносим врагов, взрываем телепорт. Бабахает он довольно таки сильно. Гордона с подругой накрывает взрывом (сентиментальные могут всплакнуть). Вроде все закончилось. Ага, а продолжение из чего брать? Прилетает G-Man и опять засовывает нас в морозилку.